1. 20200815

mac下批量替换文件中的字符串

不备份替换

grep "DE_analysis_v2" * -R | awk -F: '{print $1}' | sort | uniq | xargs sed -i "" 's/DE_analysis_v2/DE_analysis_v3/g'

备份后替换

grep "DE_analysis_v2" * -R | awk -F: '{print $1}' | sort | uniq | xargs sed -i "bak" 's/DE_analysis_v2/DE_analysis_v3/g'20200815

2. 20200719

Ubuntu Server如何开启热点 Ubuntu Server 18 Wifi Hotspot setup https://raspberrypi.stackexchange.com/questions/109425/ubuntu-server-18-wifi-hotspot-setup ubuntu18.04 配置桥接开启AP热点 https://www.jianshu.com/p/06ef3610c2f9 https://github.com/oblique/create_ap

3. 20200525

excel转csv

brew install gnumeric
ssconvert myexcel.xlsx myexcel.csv

ubuntu安装pandoc相关的依赖

sudo apt-get install texlive-full
pandoc test.html -o test.pdf

4. 20200416

mac安装cadaver

http://www.webdav.org/cadaver/

brew install cadaver

5. 20200308

mac充电问题一般如何解决

参考：如何重置 Mac 的 SMC https://support.apple.com/zh-cn/HT201295

6. 20200306

清空file文件

cat /dev/null > file

Google搜索技巧

https://www.jianshu.com/p/badee8f043e5

7. 20200226

Sublime Text3如何配置Python交互式命令行？

https://blog.csdn.net/didi_ya/article/details/104165280

jupyter由于无法import新包的解决方案

https://blog.csdn.net/u012491646/article/details/79688979

8. 20200222

工具使用原则：

能用系统级的就不要另外下载安装。

追求极致的自由的稳定。

Jupyter NoteBook 的快捷键使用指南

https://opus.konghy.cn/ipynb/jupyter-notebook-keyboard-shortcut.html

9. 20200221

静态博客Gridea

https://cclog.net/post/recommend-gridea/

静态站点Docsite

https://docsite.js.org/en-us/docs/installation.html

不过还是不够自由，也不够成熟，暂时不玩，以后再说吧。

日历

方式一：通过邮箱自动订阅推送

首先注册一个outlook邮箱

mac或ios的日历打开需要共享的日历

然后在outlook邮箱里订阅mac或ios的日历

这个过程可能很慢。

此更新可能需要超过 24 小时才能完成，但大约每 3 个小时进行一次更新。

https://support.office.com/zh-cn/article/%E5%9C%A8-outlook-com-%E4%B8%AD%E5%AF%BC%E5%85%A5%E6%88%96%E8%AE%A2%E9%98%85%E6%97%A5%E5%8E%86-cff1429c-5af6-41ec-a5b4-74f2c278e98c

安卓手机端选择Exchange登陆outlook邮箱

outlook日历自动推送到手机日历

这个过程很快，几乎实时。

以小米手机为例

方式二：手动导入

安卓iCal Import/Export工具

不推荐手动导入，除非是一次性的，否则后面对日历编辑后不能自动同步更新。

小技巧：

如何管理和删除MIUI系统里的日历账户？

使用iCal Import/Export应用的编辑日历功能。

mac上的日历如何同步到outlook？

同步工具SyncMate（这个工具功能强大）。

参考：

iCal 课表使用指引

https://i.scnu.edu.cn/ical/doc#macOS_%E4%B8%8B%E7%9A%84%E5%AF%BC%E5%85%A5

How to sync Outlook Calendar with Mac

https://www.sync-mac.com/sync-outlook-calendar-mac.html

10. Wed Feb 12 22:36:57 CST 2020

静态开源站点搭建工具 Docsite

https://docsite.js.org/en-us/docs/installation.html

VIM编辑代码时的一些技巧——格式化与注释

https://blog.csdn.net/mzlogin/article/details/5413878

【R语言数据导出txt】 write.table 函数用法

https://blog.csdn.net/u013421629/article/details/72771241

11. Tue Feb 11 22:44:46 CST 2020

Multiple SequenceServer instances

https://medium.com/coding-design/setting-up-sequenceserver-edf9d992998c

12. Mon Feb 10 15:14:07 CST 2020

date | pbcopy

Pubmed Parser: A Python Parser for PubMed Open-Access XML Subset and MEDLINE XML Dataset

https://titipata.github.io/pubmed_parser/index.html

https://github.com/titipata/pubmed_parser

Python + 生物信息 04 ：批量下载基因与文献

https://zhuanlan.zhihu.com/p/54611852

微信搜索

生信菜鸟团

我的Python笔记·BioPython（一）

我的Python笔记·BioPython（二）

科研汪逆袭技能必备！用Python批量下载文献摘要并生成“高逼格”词云

R语言 | PubMed可以这样玩

批量获取 PubMed 文献信息

13. 2020.02.04

创建软链接

ln -s [源文件或目录] [目标文件或目录]

例如：

当前路径创建test 引向/var/www/test 文件夹

ln –s /var/www/test test

删除软链接

和删除普通的文件是一眼的，删除都是使用rm来进行操作

rm –rf 软链接名称（请注意不要在后面加”/”，rm –rf 后面加不加”/” 有区别，如果加"/"则会将原文件夹一并删掉）

例如：

只删除软链接test

rm –rf test

软链接和指向的原文件夹一并被删除

rm –rf test/

14. 2020.02.03

14.1.1. mac内网穿透

https://ngrok.com/

15. 2020.02.02

15.1.1. virtualenv创建一套“隔离”的Python运行环境

virtualenv的介绍及基本使用（所有命令解释）

https://blog.csdn.net/u012206617/article/details/90294421

virtualenv

https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400/1019273143120480

15.1.2. 远程连接自己阿里云MySQL

mysql -u root -p  -h 139.196.95.208 -P 3306

16. 2020.01.01

指定应用打开文件

sudo open -a /Applications/IINA.app /Users/zhangsf/Movies/favorite.mp4

17. 2020.01.12

17.1. 解决从google drive下载大文件不能断点续传问

利用MultCloud下载

17.2. UBuntu国内镜像地址下载

http://www.oschina.net/p/ubuntu

http://releases.ubuntu.com/

http://mirrors.163.com/ubuntu-releases/14.04/

17.3. Universal USB Installer制作启动U盘

https://universal-usb-installer.en.softonic.com/

sudo curl ipinfo.io

sudo curl ifconfig.me

利用ssh反向代理和autossh实现从外网连接内网服务器

https://blog.csdn.net/u012843189/article/details/79522738

Linux系统扩展硬盘空间

https://www.jianshu.com/p/ba7090b1ef38

吸取教训：新的硬盘空间一定不能挂载在/home/moonswing，否则导致无法登陆图形界面

timeout in locking authority file /home/pi/.xauthority

18. 2019.12.05

18.1. Git配置用户名和邮箱

18.1.1. 全局设置（对所有git工程都有效）

设置用户名：git config --global user.name 用户名设置邮箱： git config --global user.email 邮箱

18.1.2. 对特定工程设置（要在命令行中切换到特定工程目录下执行）

设置用户名：git config user.name 用户名

设置邮箱： git config user.email 邮箱

19. 2019.12.01

19.1. 今日诗词

https://www.jinrishici.com/

19.2. 命令行下载工具wget/curl/axel/aria2c

$ time axel -n 50 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
real    6m10.823s
user    0m3.224s
sys    0m8.276s

$ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
real    0m59.839s
user    0m0.521s
sys    0m2.396s

$ time aria2c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
real    1m16.054s
user    0m0.959s
sys    0m1.590s

youtube-dl下载YouTube视频

youtube-dl -f best https://www.youtube.com/watch?v=cVe2hJI-K8k

you-get

you-get -o ~/Desktop/ -O Introduction_to_BioCyc 'https://www.youtube.com/watch?v=b5hVf8bBSe4&feature=emb_logo'

20. 2019.11.29

20.1. split分割文件

split -l 193 gwas_downloads.sh -d -a 4 gwas_downloads_ && ls | grep 'gwas_downloads_' | xargs -n1 -i{} mv {} {}.sh

https://blog.csdn.net/pzasdq/article/details/52830098

https://blog.csdn.net/mxgsgtc/article/details/12048919

20.2. shell中执行sudo命令

echo "passwd"|sudo -S command

21. 2019.10.24

能够提前做的事情为什么不准备好呢？？？

22. 2019.10.08

22.1. python安装cplex

cplex目前只支持python3.6

conda activate operations-research

operations-research环境里安装了python3.6

23. 2019.10.05

程序员怎样记账

https://zhuanlan.zhihu.com/p/71639319

ledger

https://www.ledger-cli.org/

hledger

https://hledger.org/

使用emcas+ledger记账

https://flysands.github.io/blog/2017-12-27-%E4%BD%BF%E7%94%A8emacs%E5%92%8Cledger%E8%AE%B0%E8%B4%A6.html

Ledger CLI

https://tengl.net/blog/2019/5/23/double-entry-accounting-with-ledger-cli

钱都到哪儿去了 - 使用 BEANCOUNT 自动记账

https://lyric.im/beancount

24. 2019.10.02

24.1. ffmpeg命令

用于音视频的转码，加水印，去水印，视频剪切，提取音频，提取视频，码率控制等等功能。例如：提取视频的音频

ffmpeg -i bb.flv bb.mp3

25. 2019.09.08

wget下载时自动修改成真实的文件名

wget --content-disposition

wget指定下载目录

wget 网址 -P/--directory 目录

26. 2019.09.05

26.1. 如何理解递归

https://blog.csdn.net/weixin_43405546/article/details/83045725

27. 2019.09.03

27.1. 矩阵

理解矩阵（一）

https://blog.csdn.net/myan/article/details/647511

理解矩阵（二）

https://blog.csdn.net/myan/article/details/649018

理解矩阵（三）

https://blog.csdn.net/myan/article/details/1865397

28. 2019.08.16

搭建私有Git服务器实现web站点自动化部署

参考：

https://www.liaoxuefeng.com/wiki/896043488029600/899998870925664

https://blog.csdn.net/u012763794/article/details/51007961

远程服务器操作

搭建私有Git服务器并实现证书登录

......

创建测试仓库

$ cd ~
$ mkdir computbiol && cd computbiol    
$ git init test.git    
$ git clone git@computbiol.com:computbiol/test.git

在私有远程服务器上创建裸仓库

裸仓库没有工作区，因为服务器上的Git仓库纯粹是为了共享，所以不让用户直接登录到服务器上去改工作区，并且服务器上的Git仓库通常都以.git结尾

$ git init --bare note.git
$ sudo chown -R git:git note.git

设置同步更新网站文件

$ cd /var/www/html/ && mkdir note
$ sudo chown -R git:git note/
$ cd note.git/hooks/
$ vim post-receive

post-receive中添加如下内容：

# !/bin/sh
GIT_WORK_TREE=/var/www/html/note/  git checkout -f

增加文件执行权限

$ sudo chmod +x post-receive

本地服务器操作

克隆裸仓库至本地实现自动化部署

$ git clone git@computbiol.com:computbiol/note.git
$ ./deploy_private.sh

git init和git init --bare的区别

用git init初始化的版本库,其保存的都是原文件,但某些用户的push操作可能导致冲突.而git init –bare创建的是裸仓库,它不保存原文件而只保存git历史提交的版本信息,并不允许用户直接在上面进行git操作

Git本地项目添加多个远程仓库

参考：https://blog.csdn.net/mengzuchao/article/details/80489864

具体实施

$ git remote set-url --add origin git@computbiol.com:/var/www/html/note
$ git remote -v
origin    git@github.com:computbiol/gitbook-note.git (fetch)
origin    git@github.com:computbiol/gitbook-note.git (push)
origin    git@computbiol.com:/var/www/html/note (push)
$ git remote set-url --delete origin git@computbiol.com:/var/www/html/note
$ git remote -v
origin    git@github.com:computbiol/gitbook-note.git (fetch)
origin    git@github.com:computbiol/gitbook-note.git (push)

29. 2019.08.15

sno-lncRNA的研究历程

30. 2019.08.14

生物信息学和计算生物学学习资源：

意外收获：http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/video_list.html

R语言基础笔记
ggplot2–绘制分布图
R语言作图——density plot
生信人的20个R语言习题及其答案-土豆学习笔记
basic visualization for expression matrix
R语言中数组、矩阵和数据框有什么区别

http://f.dataguru.cn/thread-728632-1-1.html

http://f.dataguru.cn/thread-4433-1-1.html

向量是一维数组，矩阵是二维数组。数据框通常是矩阵形式的数据，但矩阵各列可以是不同类型的。但是，数据框有更一般的定义。它是一种特殊的列表对象，有一个值为“data.frame”的class 属性，各列表成员必须是向量（数值型、字符型、逻辑型）、因子、数值型矩阵、列表，或其它数据框。向量、因子成员为数据框提供一个变量，如果向量非数值型则会被强制转换为因子。作为数据框变量的向量、因子或矩阵必须具有相同的长度（行数）。尽管如此，我们一般还是可以把数据框看作是一种推广了的矩阵，它可以用矩阵形式显示，可以用对矩阵的下标引用方法来引用其元素或子集。

31. 2019.08.13

Git
- Git入门
- git 从远程服务器更新本地项目
- Git远程仓库地址变更本地如何修改
- 常用命令
```
git status
git add [file] 
git commit -m "Update"
git push origin master
```

Gitbook
- 如何优雅地使用Gitbook

32. 2019.08.12

33. 2019.08.11

GitHub Pages搭建网站: https://gitbeijing.com/pages.html
《搬进 GitHub》：https://gitbeijing.com/
免费数学神器Mathpix：https://mathpix.com/

34. 2019.08.10

MultiQC
软件安装
- 第一就是二进制可执行程序，直接下载软件包解压后就可以全路径调用啦！
- 第二就是所有的语言代码啦，比如perl,R,python,java,matlab,ruby,C等等其中C源码就是./configure,make,make install，也有的就是make，取决于readme，这个也是报错最多的，一般就是没有权限，缺库，很头疼。然后perl和python软件呢，主要就是模块依赖的问题。 R，java,软件非常简单了。 matlab软件，你要是在windows界面用到还好，想去linux用，也折腾好几个星期。 ruby其它我没有用过啦。
- 最后就是系统或者语言自带的各种软件中心安装器啦，apt-get，yum，bioconda，cpan，cran，pip等等

35. 2019.08.07

提问的智慧
高通量数据量的计算

一般国内的测序公司计算数据量时使用两套标准：碱基数（base，通常以G为单位）和序列数（reads，通常以M为单位）。换算也很简单，序列数×序列读长=碱基数（举个例子，我做了20M reads的转录组测序，序列读长是双端150bp，那么碱基数就约等于2×150×20M=6G）。

36. 2019.08.06

Nucleic Acids Research Database Summary

37. 2019.08.02

xargs命令
```
ls *.csv | xargs ls -l
```

38. 2019.08.01

在shell脚本里用conda激活环境报错

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.

To initialize your shell, run

$ conda init

Currently supported shells are: - bash - fish - tcsh - xonsh - zsh - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

解决方法：在shell脚本中添加如下代码

# >>> conda initialize >>>

# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!

__conda_setup="$('/Users/moonswing/Programs/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

if [ $? -eq 0 ]; then

eval "$__conda_setup"

else

if [ -f "/Users/moonswing/Programs/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then

. "/Users/moonswing/Programs/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"

else

export PATH="/Users/moonswing/Programs/miniconda3/bin:$PATH"

fi

fi

unset __conda_setup

# <<< conda initialize <<<
watch命令
```
watch -n 1 'ls -l | wc -l'
```

conda环境使用基本命令

conda -h 
conda install -h
conda update -n base conda        #update最新版本的conda
conda create -n xxxx python=3.5   #创建python3.5的xxxx虚拟环境
conda activate xxxx               #开启xxxx环境
conda deactivate                  #关闭环境
conda env list                    #显示所有的虚拟环境
conda info --envs                 #显示所有的虚拟环境

38.1.1. shell命令行下获取去除后缀的文件名

#获得不包含后缀的文件名列表
ls *.sra | while read i;do basename $i .sra;done

ls *.sra | while read i;do basename $i .sra;done | perl -ne 'chomp;print "$_\t";' > SRR_Tab.txt

Shell中的${}、##和%%使用范例

file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt

${file%%.*}：删掉第一个 . 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3/my

39. 2019.07.31

合并表达矩阵

HTSeq-count输出结果是一个个独立的文件，后续分析需要把多个文件合并成一个行为基因名，列为样本名，中间为count的行列式文件。
```
paste *.txt | awk '{printf $1 "\t";for(i=2;i<=NF;i+=2) printf $i"\t";printf $i"\n"}' | less -S
```
ascp on mac

Downloading data from NCBI via the command line using Aspera
linux命令
```
jobs -l
```

40. 2019.07.28

40.1.1. mac安装conda后去掉前面的(base)

mac安装了conda后，前面会有一个(base)，很烦人，终于找到最佳解决方案了：
```
$ conda config --set auto_activate_base false
```
原因：

安装conda后，每次启动终端，都会自动启动conda的base环境，conda的环境可以用 conda env list 查看

只要设置conda不要自动启动base环境就可以了。

作者：水木青枫来源：CSDN 原文：https://blog.csdn.net/u010666669/article/details/90085125 版权声明：本文为博主原创文章，转载请附上博文链接！

41. 2019.07.27

学习R Markdown的使用

42. 2019.07.26

Sublime Text进入插件管理快捷键
```
shift+command+P
```

43. 2019.07.26之前

vim临时设置

set nu/set number
set nonu
set hlsearch
set nohl
set ts=4

mac移动文件夹

【cmmand+c】，然后在要移动到目标目录点击一下，然后按【option+cmmand+v】即可移动文件。
mac查看文件编码

vim命令行下：set

nohup提交后台任务

覆盖到output

nohup ./start-dishi.sh >output 2>&1 &

追加到output

nohup ./start-dishi.sh >>output 2>&1 &

删除PcircRNA_finder不重要的文件

shopt -s extglob
rm -rf !(*.sh|nohup.out|results)   #除了括号内的都删除
shopt -u extglob

  rm -rf `ls | grep -v results`
  rm -rf `ls | grep  '_'

  cut -f 1,2,4 01471-2229-12-146-S2.fasta | perl -ne 'chomp;@info=split/\s+/,$_;print ">$info[0]-$info[2]\n$info[1]\n";' > 1471-2229-12-146-S2.fasta

ps的简单应用

ps -lu why
ps -f pxxxxx
ps -f -w -w pxxxx

pmap -d 2889
pstree
pstree -p

kill -9 pid

查看当前文件夹存储使用情况
```
du -sh
```

NCBI ftp站点

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/

https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/

提取SRR accession

ls *.sra | perl -ne 'chomp;if(/\.sra/){print "$` ";}'
实例：vim中读取shell命令行下的输出
:read ! ls ./input/ | perl -ne 'chomp;if(/\.sra/){print "$` ";}'

删除文档的第一行
```
sed -i '1d' <file>
```
删除第一行到第n行
```
sed -i '1,nd' filename
```

shell给一个文件中的每一行结尾插入字符的方法

awk '{print $0"X"}' fileName

awk '{print $0"\tleaves"}' test | less
cat test | awk '{print $0"\tleaves"}' | less

linux把文件中某几列相同的行输出：

1、2、3相同

awk 'pass==1 { count[$1,$2,$3]++ } pass==2 { if(count[$1,$2,$3]>1) print }'  pass=1 test.txt  pass=2 test.txt

3、4、5列相同

awk 'pass==1 { count[$3,$4,$5]++ } pass==2 { if(count[$3,$4,$5]>1) print }'  pass=1 test.txt  pass=2 test.txt

无法解决的问题实验室的ip被屏蔽了 ssh_exchange_identification: read: Connection reset by peer ssh_exchange_identification: Connection closed by remote host

定时命令 crontab